En 1527, los españoles venidos de Panamá por el Pacífico descubren en Túmbez el imperio incaico. Cuatro años después inician la conquista del Perú, que va a ser aún más sangrienta que la de México, pues los españoles no sólo van a luchar con los indios, sino también entre ellos.
Conquista muy dura, puesto que hay que salvar montañas entre las más altas de la tierra, explorar inmensos ríos, dominar llanuras y selvas infinitas.
El paso de los religiosos se produce en condiciones muy diferentes a las que habían tenido lugar en América Central. Si bien los primeros franciscanos de México tenían por guía a un flamenco, puede decirse que, en la masa, los que construyeron traían un ideal de forma típicamente hispano.
En cambio, desde el principio y durante tres siglos en América del Sur, los frailes constructores en una gran proporción no fueron sólo españoles sino flamencos, alemanes, tiroleses, portugueses e italianos.
No hay que hacerse ilusiones: no se da un siglo XVI sudamericano comparable al que ya se ha visto en México. Quedan, yendo de Norte a Sur, la catedral de Tunja (Colombia); la catedral, San Francisco, Santo Domingo, San Agustín y La Merced, en Quito; las ruinas de las iglesias de Saña y Guadalupe en la costa al norte de Lima; la primera y modesta versión de las iglesias del lago Titicaca; las dos de Santa Clara, en Ayacucho y el Cuzco, respectivamente, y las tres de San Francisco en el Cuzco, Sucre y Potosí.
Muchas de estas iglesias poseen o poseyeron cubiertas en bóveda de crucería, artesonados renacentistas o mudéjares, techos que se perpetuarán durante toda la colonia. En efecto, los constructores, después de los primeros terremotos comprendieron que las bóvedas góticas eran más aptas para resistir que las pesadas de cañón corrido. En cuanto a los artesonados constituyen siempre un medio de prestigiar el local que recubren y por eso puede decirse que duran en el tiempo.
De todo ese primer siglo de conquista, los edificios más importantes que aún están en pie -aunque a veces deformados- son las catedrales colombianas de Tunja y de Cartagena de Indias y las iglesias quiteñas.Véase el caso de estas últimas.
El convento de San Francisco de Quito posee una enorme superficie, lo que le permite contar con trece claustros, tres iglesias, un colegio y otras dependencias. La iglesia principal es obra de un flamenco, Fray Jodoco Ricke, que evidentemente se apoyó en modelos tomados de Serlio que interpretó de manera nórdica.
En el interior, la iglesia contaba con un magnífico artesonado mudéjar de maderas incrustadas formando polígonos estrellados. Un incendio en el siglo XVIII la privó de ese adorno, que sólo se salvó en parte: sobre el coro y el crucero. Su vecina y rival, la iglesia de Santo Domingo (totalmente estropeada por «arreglos» modernos), posee también otro artesonado mudéjar en la nave; finalmente, la de San Agustín se enorgullece de una soberbia bóveda de crucería sobre el coro.