El templo conserva dos de sus tres criptas, las dispuestas bajo los ábsides central y septentrional. Se estructuran, como es norma en el estilo, en tramo recto y hemiciclo cubiertos con bóvedas de cañón y horno, respectivamente. La práctica carencia mural de estas estancias provoca una incómoda sensación de agobio.
La cripta central custodia el ya mencionado sepulcro de San Ramón, uno de los escasos ejemplos de escultura funeraria románica que subsisten en Aragón, aún con restos de la policromía original.
Fechado en torno a 1170 —pero seguramente de principios del siglo XIII—, el frente se decora con algunas escenas del ciclo de la Infancia (Anunciación, Visitación, Nacimiento y Epifanía) que se continúan en los laterales con la Huida a Egipto y, finalmente, la figura del santo vestido de pontificáal entre diáconos. El sarcófago descansa sobre los relieves de los cuatro evangelistas que portan los símbolos del Tetramorfos. A juicio de Kingsley Porter, por su calidad nada tiene que envidiar al sepulcro de doña Sancha, en Nájera, o al de Santo Domingo de la Calzada.
También destaca en este singular edifico la denominada capilla de San Agustín, adosada al ábside norte. Consagrada por San Ramón en 1107, se convirtió en el oratorio de la enfermería del cabildo.
Se trata de una dependencia casi cuadrada con cabecera semicircular totalmente abovedada, cuyo mayor atractivo radica en la decoración pictórica, del primer tercio del siglo XIII, que cubre el hemiciclo y el arco de triunfo. Aunque se conserva de forma fragmentaria y en pésimo estado, aún se puede reconocer una Maiestas Domini flanqueada por el Tetramorfos.
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