Así como el siglo XVII constituía una época casi de receso en México, ese mismo siglo representa el gran auge arquitectónico del Virreinato del Perú.
Varias ciudades se destacan entonces claramente: Lima, el Cuzco, Arequipa, Trujillo, Ayacucho, en el Perú actual; La Paz, Sucre, Potosí y Cochabamba, en Bolivia. Como siempre, la arquitectura religiosa domina de lejos a la civil, que no puede competir con ella.
En Lima se rehacen o se terminan obras comenzadas el siglo anterior. La ciudad cuenta ya entonces con grandes construcciones como la catedral y los enormes conventos de San Francisco, Santo Domingo, San Agustín, La Merced y La Compañía.
Al igual que en el resto de la América hispana se encuentra aquí un curioso problema. Las plantas y elevaciones de estos edificios son tradicionales y bastante poco imaginativas: nave única con capillas entre los contrafuertes o cruz latina con cúpula en el crucero. La significación está dada principalmente al exterior por el portal, lo alto de las torres o la semiesfera de la cúpula.
En el interior, en cambio, ese efecto está exclusivamente a cargo del mobiliario: sillerías del coro, pulpitos y, sobre todo, la serie siempre variada de los gigantescos retablos, que son a veces oscuros, pero, en general, dorados y policromados.
El gran vuelco en la arquitectura que va a proliferar por todo el altiplano desde Arequipa a Puno, está marcado por la construcción de la iglesia de La Compañía después del gran terremoto de 1650 que destruyó prácticamente la ciudad de Cuzco.
En ese templo, otro flamenco de genio, el Padre Egidiano (Gilíes en realidad) va a poder ejercer su talento, creando así el modelo ideal -interior y exterior- de una iglesia culta a gran programa (1651-1668).
Arriesgándose a una mayor altura en la nave y las torres, practicando una elegante cúpula sobre tambor, inventando en la fachada un gran arco trilobulado bajo el cual se desarrolla una especie de “retablo exterior” y en las torres unos remates bien diseñados, Egidiano se nos impone no sólo como un gran arquitecto: su obra es la cabeza de serie en Cuzco y en toda su región. En la ciudad misma: La Merced, San Sebastián, San Pedro repiten con mayor o menor fortuna el esquema de La Compañía. A lo lejos, lo mismo ocurre en Arequipa, en Puno.
