Trasladada la corte a Tebas, los sepulcros faraónicos siguieron recordando durante algún tiempo en su construcción la forma de la pirámide, pero sólo como un símbolo para manifestar la calidad de la sepultura.
Cuando en 1907-1909 fue excavada por el Egypt Exploration Fund la tumba de Mentuhotep II, el primer faraón tebano, fue curioso observar como la pirámide atrofiada se iba reduciendo hasta llegar a caber dentro de un patio. En cambio, el templo de la pirámide la rodea con pórticos y salas por sus cuatro costados, en lugar de estar a su pie en uno de sus lados y a la sombra del túmulo gigantesco.
El uso de estas pirámides se prolongó por bastante tiempo. Además, los primeros faraones tebanos, sin perjuicio del monumento sepulcral del nuevo tipo que se levantaba en la llanura de Tebas, se hacían construir en el Bajo Egipto la pirámide correspondiente, en la que, sin embargo, nunca debían ser enterrados sus cuerpos mortales. Es como si permaneciera en ellos una supervivencia del gran concepto de Ra con todas sus consecuencias, que tuvieron los monarcas antecesores suyos y que los faraones de las nuevas dinastías, comprendiendo sólo vagamente, no se atrevían a abandonar de golpe.
Los últimos faraones de la XVIII Dinastía renunciaron ya por completo al elemento tradicional de la pirámide y labraron sus hipogeos en las grietas de la montaña; la quebradura cercana del valle se prestaba admirablemente para disimular en su acantilado la entrada de los corredores funerarios, y el macizo de la sierra era preferible a la costosa montaña artificial que representaba la pirámide.
Esta, vino a ser sustituida por la montaña natural, y el templo quedó a lo lejos, al pie del valle, sin comunicación con la sepultura. Es más: esta última se disimulaba escondiendo la entrada con rocas superpuestas; nadie conocería en las grietas de Abydos que ellas son el ingreso de los corredores magníficos de las tumbas reales.
Así y todo, la mayoría de los sepulcros de los faraones fueron violados desde la antigüedad, pues los turistas del tiempo de Herodoto visitaban algunos ya vacíos; los sarcófagos habían sido levantados por los sacerdotes de la XXI Dinastía y encerrados sin pompa alguna con el mayor desorden, confundidos reyes y reinas en dos tumbas secretas.