A la muerte de su madre Klee modifica en parte el aspecto cromático de sus cuadros, añadiendo a veces, por ejemplo, bordes negros en el espacio pictórico cercano al marco. Él mismo describiría esta solución como «orlas de luto». En su intento de trasponer los impulsos irracionales a la esfera de lo lógico, su aportación a la Bauhaus, de tendencia predominantemente racionalista, es importante y fructífera.
Piénsese en el cuadro de 1921 Perspectiva de una habitación con sus habitantes (óleo y acuarela), donde en una estancia vista en rígida perspectiva se sitúan imágenes de otra dimensión, que pretenden representar, en una rejilla de racionalidad ilusionista, lo invisible y los fantasmas de la fantasía creadora. Según Lionello Venturi, una de las características principales del arte de Klee es precisamente esta perenne tensión que lo aleja del simple automatismo de raíz surrealista: por aquellos mismos años, los surrealistas muestran interés por la obra del suizo, al que proponen algunas exposiciones en común.
En torno a 1923 ejecuta los primeros ejemplos de los denominados cuadrados mágicos, cuadros compuestos de parrillas y retículas de tramas que, por una parte, recuerdan las contemporáneas experimentaciones de Mondrian y, por otra, hacen referencia al aspecto constructivo, atento a la «estructura», tan caro a la Bauhaus. De hecho, influyen también en Klee las ideas constructivistas del húngaro Lázló Moholy-Nagy, profesor de la institución y teórico de una práctica artística alejada de las ideas de estaticidad que comportan la pintura y la escultura. Sus reflexiones sobre la imagen en movimiento no dejan indiferente a Klee, que identifica sus obras con composiciones musicales o con fugas, tomando directamente terminología y espíritu expresivo de un arte de tipo estrictamente temporal como es la música.
Entre sus cuadros más célebres figuran los de 1922-1923 (Ciudad Sueño o Eros, entre otros), donde en estudios de representación, por ejemplo del cielo, el artista introduce símbolos o signos recurrentes en la producción posterior, como la flecha. Esta indica de manera clara y didáctica una dirección, un movimiento, un significado dentro de las complejas secuencias de tonalidades cromáticas que componen los cuadros.
En diciembre de 1924 la Bauhaus es clausurada a causa de la hostilidad del ayuntamiento de Weimar y trasladada a Dresde, ciudad en la cual se construye un edificio para albergar la nueva sede. Klee, que entretanto ha celebrado su primera exposición individual en Nueva York, en enero de 1925 marcha a Dessau. En espera de encontrar un alojamiento cómodo y definitivo, vive un tiempo en casa de Kandinsky. En esa época, Alfred Flechteheim sucede a Goltz como su marchante, y Otto Ralfs funda la Klee-Gesellschaft, que garantizará al artista unos ingresos mensuales hasta 1933, gracias a una red de socios que comprarán de manera constante sus obras a precios competitivos.
La utilización en clave experimental de algunos instrumentos (el compás, usado sin mina para grabar en el soporte los arcos de círculo y las curvas; un rociador que marca los contornos de los planos pictóricos; la transposición de un denso entramado cruzado también a la acuarela) y el interés cada vez mayor por la naturaleza confieren a Klee un creciente prestigio. El enésimo viaje a Italia, emprendido en el verano de 1926, le permite visitar Florencia y sus museos así como la isla de Elba, Pisa y Rávena con su tesoro de mosaicos bizantinos semejantes a tejidos, que influirán en su arte: «Esta ciudad tan poco italiana ejerció sobre Klee un encanto especial con sus mosaicos bizantinos de suntuosos colores. Quizá el periodo divisionista, que tiene su inicio en 1930, recibió su principal impulso de los mosaicos de Ravena«, escribirá su hijo, Félix. El 17 de marzo Klee conoce al artista expresionista Emil Nolde; ese mismo mes expone en la galería Flechtheim de Berlín. En la Bauhaus, el suizo Hannes Meyer sucede a Walter Gropius en la dirección.
En diciembre, Klee hace otro viaje, esta vez a Egipto, visitando las ciudades de Tebas, Assuán, El Cairo y Alejandría. El viaje no le entusiasma como el que había hecho a Túnez: «De Túnez he conservado impresiones muy distintas y estoy convencido de que Túnez es mucho más pura». Los dibujos que siguen a la época egipcia son de tendencia mayormente abstracta y geometrizante (véase, por ejemplo, Altimetría individual de los estratos, realizado sin embargo más tarde, en 1930) y presentan un adensamiento de la retícula de líneas dando una ilusión de perspectiva, como en el célebre Calle principal y calles secundarias, hoy conservado en el museo Ludwig de Colonia.
Los tonos alternados de amarillo descolorido y azul pálido llenan una especie de escala que evoca, como reza el título, el empedrado de unas calles deterioradas por el tiempo. Al lado de signos como flechas y medias lunas se introduce ahora la figura del sol. La producción subsiguiente al viaje a Egipto se puede dividir a grandes rasgos en dos filones que abarcan, respectivamente, el carácter compacto y la continuidad del espacio pictórico y una reflexión lírica y más recogida.
En 1929, la ciudad de Dresde dedica a Klee, que tiene ya cincuenta años, una gran muestra de más de cien acuarelas realizadas entre 1920 y 1929. La exposición irá después a París y a Berlín.
Los desacuerdos con la dirección de la Bauhaus se acentúan. Klee falta repetidas veces a sus clases; está a menudo en Suiza y en Francia y le resulta difícil compatibilizar la enseñanza y la cotidiana actividad artística. Escribe una carta a la dirección de la institución, en respuesta a sus continuas solicitaciones a una presencia más asidua y constante: «En primer lugar, soy un artista productivo; además, como educador, me he aventurado a asumir debidamente una ardua tarea, dado que este cargo es un peso difícil que sólo en determinadas condiciones se puede equilibrar con la actividad productiva. Estas condiciones son hacer productiva la enseñanza misma y tener la posibilidad de descansar con un periodo vacacional adecuado». Las disensiones, no de orden teórico, aumentan hasta el punto de inducir a Klee a buscar otras academias dispuestas a contratarlo. En 1930 acepta un puesto de profesor en la Academia de Dusseldorf, a pesar de que la Bauhaus le propone un horario menos pesado.
En Dusseldorf, donde está desde enero de 1931, los alumnos son sólo cuatro. La actividad didáctica abruma menos a Klee, que puede dedicar más tiempo a la producción artística, pintando, por ejemplo, cuadros de dimensiones más grandes que los anteriores. Ad Parnassum (1932) es el título de un óleo que compendia en sí algunas técnicas y modo compositivos experimentados de manera más o menos sistemática hasta entonces: un gran mosaico surcado de líneas, una apretada retícula que encierra en su interior una miríada de puntos blancos, una organización relativamente arquitectónica.
Se alude al Parnaso, patria idea de los poetas, sobre el cual se cierne un sol de un anaranjado intenso, único auténtico momento de «reposo visual y cromático» del cuadro. Este, en su conjunto, además de indicar un estilo de origen divisionista, transmite una estado de relativa paz y relajación dentro de una vibración plácida y cálida, como simbolizado la recuperada seguridad económica, existencial y productivas tras las fatigas de los años anteriores. La época de Dusseldorf está marcado por un estilo que Klee define como «divisionista», si bien distinto del Divisionismo de Seurat por su menor pretensión científica en el método de yuxtaposición de las pequeñas pinceladas de color sobre el lienzo.
Unos meses después, la Bauhaus confía la dirección de la escuela a Mies van der Robe; Klee rompe definitivamente su relación en abril de 1931. Es sin duda una de las épocas más difíciles en la vida de Klee y en general de la historia de Europa, tanto en el aspecto artístico como en el político. El partido nazi escala las cumbres del poder en Alemania: Hitler es nombrado canciller del Reich el 30 de enero de 1933.
Las presiones oficiales que sufren los artistas modernos son repetidas y continuas. La casa de Klee en Dessau -donde aún reside- es requisada en marzo de 1933 y el artista es despedido sin causa aparente de la Academia de Dusseldorf, cuyo jefe es «un profesor numerario hitleriano de Hannover». A pesar de todo parece ponerse peor para Klee y sus familiares, teniendo en cuenta también los ataques en la prensa, a los que aquél alude en algunas cartas a su esposa, el pintor espera no tener que interrumpir su trabajo en Alemania.
A raíz de las acusaciones de judaísmo que se le dirigen y de las exigencias de probar su pertenencia a la «raza aria», Klee escribe, asimismo en una carta a Lily: «Si me lo piden oficialmente tengo que hacerlo. Por lo demás, por mi parte me parece indigno emprender algo contra tan groseras injurias. En realidad, aun cuando fuera verdad que yo fuese judío y originario de Galizia, esto no influiría en nada en el valor de mi persona y de mi trabajo. No me permito abandonar esta opinión mía, según la cual un judío y un extranjero, en cuanto tales, no tienen un valor inferior a un alemán originario de este país; de lo contrario me erigiría un extraño monumento».
Tras un viaje a Francia, antes de la navidad de 1933, durante el cual firma un contrato con el marchante Daniel-Henry Kahnweiler, decide trasladarse a Suiza, a Berna, la ciudad de su infancia, persuadido sobre todo por las presiones de su mujer, Lily. El catálogo de sus obras alcanza el número 482 con el cuadro significativamente titulado Tachado de la lista: una cruz negra en su autorretrato, con los ojos y boca cerrados, expresa toda la angustia y la rabia que los colores pardos y oscuros amplifican. La misma tristeza es visible en otras obras de la época, en las cuales las líneas fragmentadas y de colores negro o rojo sangre marcan rostros de niños y mujeres, estilizados ante fondos pardos, marrones, oscuros.
Como ejemplos hay que citar: Busto de niño, de 1933, donde la cabeza redonda y pálida del pequeño, en el centro de la composición, es atravesada por segmentos de líneas rojas, a modo de grietas y pliegues, como si el cuerpo estuviese próximo a resquebrajarse; Luto, de 1934, un dibujo a pincel acuarelado con tinta china que muestra, en una retícula de minúsculos cuadraditos, la silueta de un rostro inclinado bajo el peso del dolor; Dibujado, de 1935, que repite la composición de Busto de niño pero acentuando los tonos marrones que invaden igualmente el rostro retratado.
En 1934 se había celebrado la primera gran exposición de Paul Klee en Inglaterra, en la Mayor Gallery de Londres, precisamente cuando el partido nazi se disponía a secuestrar el libro de Will Grohmann sobre los dibujos de Klee de los años 1921 a 1930. Ya celebrado en todo el mundo con exposiciones y homenajes que tienen lugar en Francia, Bélgica, Estados Unidos, Inglaterra, además de en Alemania (antes del nazismo) y en Suiza, el artista sigue trabajando sin cesar.
El 23 de febrero de 1935 se le organiza en Berna una importante muestra, pero su estado de ánimo no es en absoluto bueno, privado de lo empeños que, en Alemania, lo ha cían sentirse parte de una comunidad. La enfermedad viene a agravar la situación: Paul, aunque se le diagnostica sarampión, es aquejado de esclerodermia progresiva, causa de la desecación y consiguiente caída de la epidermis, que lo llevaría a la muerte al cabo de cinco años tras grandes sufrimientos.
De la época marcada por la enfermedad es quizá 1936 el año en que Klee realiza menor cantidad de obras. Pasa temporadas en Ta-rasp y Montana para recibir tratamiento médico y ejecuta sólo veinticinco obras. A pesar del progreso de la enfermedad, que de allí a poco le impedirá también tocar el violín, después de ese año prosigue su incesantemente su actividad artística, sin detenerse en los resultados formales a los que llega, siempre nuevos y diferentes. La idea de la muerte obsesiona al artista, como se evidencia en su producción con una pintura más íntima donde los signos y jeroglíficos de un lenguaje interior aluden ahora claramente a realidades reconocibles, sumergiéndose en soluciones cromáticas menos fragmentadas, más unitarias y sintéticas. Proyecto, El despertar de la primavera, Signos en amarillo testimonian este proceso. Hombres, animales, árboles, como salidos de las pinturas rupestres de los primeros humanos, son trazados en tejidos de yute, cuya trama define su estructura y la composición del fondo.
En 1937 se inaugura en Munich la muestra itinerante titulada «Arte degenerado», donde se recogen la obras de todos los artistas que el régimen nazi consideraba como enfermos mentales. En ella está representada buena parte de la vanguardia europea y entre las obras figura diecisiete cuadros de Paul Klee. El gobierno alemán ordena entretanto retirar todas sus obras de los museos alemanes. Rodeado de la solidaridad de muchos artistas, entre ellos Picasso y Braque, que le visitan en Berna ese mismo año, vuelve de nuevo a sus experimentaciones.
Por ejemplo, realiza obras con la técnica de los «colores disueltos en agua de cola», es decir, colores mezclados a base de caseína, huevo u óleo, aplicados sobre hojas de periódico, telas de todo tipo y cartones de los que se suelen utilizar para embalaje. Sólo en 1939 hace 1200 dibujos.
Los Ángeles, que pinta a lo largo de toda su vida y se convierten casi en su clave estilística, símbolos íntimos y colectivos al mismo tiempo y caracterizados por un estilo sintético y dinámico, representan bien la tendencia que parece presidir el arte de Klee en los últimos años: junto con la feliz recuperación del color, el artista presenta una imaginario capaz de sorprender, una vez más, por la complejidad y variedad de las formas.
El 10 de enero de 1940 muere su anciano padre, Hans, mientras Zurich homenajea al artista con una exposición de más de 213 obras de los últimos cinco años. Trasladado al sanatorio de Orselina-Locarno y luego a la clínica Sant’Agnese de Locarno-Muralto, en el Cantón Ticino, Paul Klee muere el 29 de junio.