Entre las esculturas encontradas en su casa, al hacer el inventario después de su muerte, hay otra, la más trágica y misteriosa de todas las obras de Miguel Ángel: la llamada «Pietá Rondanini», actualmente conservada en el Castello Sforzesco de Milán, grupo en el que las dos figuras verticales (la Madre de pie sosteniendo al Hijo muerto) componen un conjunto atormentado y conmovedor como ningún otro.
Todos los suyos le habían precedido en el sepulcro: sus hermanos, sus protectores, su amada, su fiel criado, como también sus amigos y enemigos; se había quedado solo, pero hasta la última hora se mantuvo fuerte y lleno de voluntad. Sus últimos días son los de un titán que se acaba.
Trabajó todo el sábado, y el domingo, no recordando que lo fuese, quería ir a trabajar. El lunes, 15 de febrero, le acometió la fiebre, y sintiendo la cabeza pesada, quería probar de despejarla montando a caballo, como tenía por costumbre cada tarde; pero el frío y la debilidad se lo impidieron, y así volvió a sentarse cerca del fuego, donde estaba mejor que en la cama. Tres días después moría, el 18 de febrero de 1564; contaba casi noventa años.
Su sobrino llegó de Florencia cuando ya estaba su cuerpo depositado sobre un catafalco en la iglesia de los Santos Apóstoles, y con la excusa de haber recibido instrucciones del difunto, envió, de noche, casi a escondidas, sus mortales despojos a Florencia, para no llamar la atención del pueblo de Roma, que no quería que se lo llevaran.
En Florencia se le hicieron exequias solemnes en San Lorenzo, y Vasari proyectó el mausoleo que para él se labró y edificó en la iglesia de Santa Croce. Vasari, que describe estas exequias, en las cuales tuvo parte principalísima, consigna los nombres de los cuatro más egregios artistas de Florencia en aquel entonces, escogidos para disponer el funeral y sepultura: Cellini y Ammannati, escultores, y Bronzino y Vasari, pintores.
La Piedad de Miguel Ángel (catedral de Florencia). Realizada entre 1550 y 1555 para su propia tumba. Según parece, la cabeza de Nicodemo es un autorretrato. Desde la escultura helenística, jamás había sido expresado el estado de ánimo, el sentimiento íntimo con una intensidad tan vigorosa, tan definitiva.