Más revolucionaria todavía se presenta la concepción de la Virgen del gato, tal vez la segunda a la que se refiere Leonardo, y que jamás ha sido hallada: la presencia de un «tercer elemento», en este caso el gato, además de la Virgen y el Niño, abre a la dinámica del espacio la concisión del grupo binario, originando toda una serie de compensaciones equilibradas (lo que constituirá la matriz de las estructuras en pirámide y en elipse, típicas del siglo XVI, hasta llegar al sistema «contrapuesto» de Miguel Ángel y del manierismo) y de contrapuntos de carácter psicológico: humanización de lo divino que a pesar de todo no pierde su «natural» misterio, sino sólo la frialdad icónica y ceremonial-fetichista.
Efectivamente, en las últimas obras florentinas, antes de su marcha hacia Milán, el tema sacro llega a ser punto central de referencia. He aquí las dos obras que dejó sin acabar en 1482: la Adoración de los Magos, hoy en los Uffizi, y San Jerónimo actualmente en la Pinacoteca Vaticana.
En la Adoración empieza a proponer y resolver una gran parte de la temática artística de las primeras décadas del siglo XVI, lo que la convierte en una obra verdaderamente revolucionaria, y en ella toda rigidez de aislamiento gráfico y de esquematismo perspectivista ha sido decididamente abandonada y superada por la relación plástico-lumínica entre la masa en semicírculo de los adorantes, unitaria y compacta aunque con una dinámica propia debida a los golpes de luz y a la mímica altamente expresiva, y el grupo dulcemente emotivo de la Virgen con el Niño.
El niño queda simbólicamente aislado por la luz, pero se reintegra al conjunto por la perfecta estructura «en pirámide» que tiene su base en los tres Magos: el que está arrodillado a la derecha -hacia el cual y para contrapesar el conjunto se vuelven la cabeza de la Virgen y la cabeza y el brazo del Niño-, y el arrodillado y el postrado de la izquierda. Aparecen también en los dos extremos, y recíprocamente contrapuestas, las dos figuras di quinta que llegarán a ser regla general en todas las composiciones pictóricas del siglo XVI. Desde el gran bloque del primer término, cerrado perentoriamente por el hemiciclo humano -sobre el que se alza, con un desplazamiento «excéntrico» pero genial, un árbol frondoso muy parecido al enebro de la Benci-, la mirada resbala, sin planos intermedios inútiles, hasta las imágenes del fondo, tan revolucionarias desde el punto de vista conceptual como del pictórico. El tradicional desfile del cortejo de los Magos ha dejado paso a una especie de «espectáculo» libre de naturaleza y de hombres, entre rocas, batallas a caballo, «posturas» de figuras desnudas. Códice A: «Harás las figuras en la postura apropiada que sirva para demostrar lo que la figura lleva en su alma».
Hay también ruinas arquitectónicas con complejas intersecciones perspectivistas, como las que se irán repitiendo en numerosas pinturas del siglo XVI. Se trata ya de la manifestación visual de aquellos principios de universalidad y omnipotencia representativa de lo real, que inducen a Leonardo a pregonar la «primacía» de la pintura (y por ende de la representación gráfica) sobre todas las demás artes, o más bien sobre «todas las obras humanas», cuando nace a través del ojo, de la mente y de las manos del pintor «universal».
Los dibujos preparatorios demuestran cuantos temas, intereses y problemas confluyen en la obra y especialmente en su fondo: algunos, ya en fase embrionaria, aparecen autónomos en relación al problema específico de la representación pictórica. Uno, desde luego, se vuelca, con trágica eficacia, sobre la otra obra también incompleta y ciertamente de la misma época: el San Jerónimo. Se trata de la unión de la ciencia anatómica y de la observación de la dinámica del rostro y de los miembros, captada atentamente en cada una de las circunstancias cotidianas o extraordinarias, con la ciencia fisiognómica entendida como estudio (y no necesariamente como representación) de la manifestación física de los fundamentales estados afectivos y psíquicos en el mundo animal (y no sólo humano). Códice A: «Procurar que sea cosa divertida, al ir de paseo, ver y meditar sobre las posturas y los ademanes de los hombres tanto en el hablar como en el discutir o reír o pelear, qué posturas van tomando y qué gestos hacen los que los rodean para separarlos o mientras los miran.»
Gracias a este estudio, la representación pictórica de Leonardo consigue abarcar en sí misma los extremos de la exasperación expresiva del San Jerónimo y de la infinita,»misteriosa» sutileza de la Gioconda o del San Juan.
