El encuentro milanés entre Leonardo y Bramante tiene una enorme importancia para ambos. Como ha quedado reflejado en la carta dirigida al Moro, Leonardo se define también perito «en arquitectura, en composición de edificios públicos y privados»: efectivamente, el códice B, que puede fecharse en 1484-1486, es tan rico en estudios sobre arquitectura (que pueden integrarse con folios del Códice Atlántico), que numerosos estudiosos modernos han pensado lógicamente que se refiere a un esbozo de tratado. El tema fundamental de dichos estudios es, al parecer, el edificio sagrado de planta central: si además se tiene en consideración que dicho tema lo inició Bramante con el preludio que representa el presbiterio centralizado que insertó en el cuerpo de Santa Maria delle Grazie, en Milán, con cuya innovación muchos dibujos de Leonardo presentan fuertes analogías, y lo realizó en San Pietro in Montorio, en Roma, y debía desarrollarlo aún más en el proyecto y en la fundación de la nueva basílica de San Pedro, se descubriría toda la importancia del mutuo e indudable intercambio de ideas entre Leonardo y el más importante arquitecto a caballo entre los dos siglos.
De la misma manera e incluso aún más revolucionarios, aunque bordeando la utopía tecnológica, son los dibujos y los escritos de carácter urbanístico, que decididamente se alejan, con su concreto anclaje en la realidad social, de la abstracción intelectual de las «ciudades ideales» del Humanismo cuatrocentista. En una carta al Moro, que se conserva en el Códice Atlántico, Leonardo propone «disgregar» la agolpada estructura del Milán todavía gótico para crear ciudades-satélites tipificadas («cinco mil casas con treinta mil habitantes») que se pudiesen confiar por interés especulativo a los «magnates», que de tal manera se mantendrían fieles a la buena marcha de la Señoría: en los dibujos, un Leonardo utopista y genial proyecta, diseña, la nueva ciudad a dos niveles distintos, uno para uso de los peatones y otro, inferior, formado por una completa red de canales (los «navigli» lombardos, en parte ya existentes, y en parte proyectados por el Leonardo ingeniero «hidráulico», con sus correspondientes esclusas), que deberían tener la doble función de salubridad higiénica -preocupación fundamental y futurista de Leonardo- y de red de comunicaciones mercantiles.
Modernamente se ha discutido mucho sobre el «utopismo» de Leonardo, sobre el carácter de exclusiva especulación intelectual de muchas de sus concepciones e intuiciones científicas, empíricas y «mecánicas»; y esto como reacción a inconsideradas y absurdas exaltaciones nacionalistas del «genio universal», precursor, casi de ciencia-ficción, de cada una de las revoluciones mecánicas y tecnológicas de la civilización industrial. Todo esto figura en los dibujos de Leonardo, pero es el aspecto más exterior, el que más se presta a una acusación de verdadera, aunque genial, exhibición intelectual casi con el fin de «asombrar» y satisfacer al príncipe.
Pero la validez del Leonardo «mecánico» es muy distinta, y puede en verdad considerarse como la base de la «revolución tecnológica» de los dos siglos sucesivos: por una parte, supera de golpe la tradición cuatrocentista de los «artistas mecánicos» e intuye y analiza el carácter esencial e intercambiable de los grupos mecánicos básicos, que son válidos para los más distintos tipos de máquinas de la época; por otra parte, él en primer lugar es el que enlaza «científicamente» dicho estudio y análisis práctico con el estudio y el análisis, tanto teórico como empírico, de los principios de la física dinámica. Luego, él mismo extiende estos principios, entre otras cosas, a la anatomía de la «máquina humana» y de sus movimientos. Idéntico proceso deliciosamente mental, pero nunca abstracto ni utópico, se vuelve a encontrar en los estudios para el «gran cavallo», el colosal monumento ecuestre a Francesco Sforza.