A un lado de María están las doncellas de Judá, que la acompañan, con los gestos afectados del Perugino; en el otro, los pretendientes que rompen sus varas y ponen las manos en las espaldas de José, vestidos aún con los típicos calzones de la moda cuatrocentista; sólo en el fondo un templete circular muestra ya el ideal de la nueva arquitectura, en una situación de perspectiva que debió de constituir, entonces, para los pintores umbros de Perugia, una obsesión.
Parece como si Bramante hubiese comunicado a Rafael aquella forma de un templo clásico con cúpula central. Esta pintura lleva la fecha de 1504, y ya notó en ella Vasari l’augmento della virtú di Raffaello, afinando y mejorando la maniera del Perugino. «Hay allí un templo en perspectiva -dice Vasari-, dibujado con tanto amor, que es cosa admirable ver cómo él procuraba ejercitarse en resolver dificultades.»
A principios de 1505 pasó el joven Rafael a Florencia y allí instaló un taller por su cuenta. Florencia había sido hasta entonces la capital del arte; también el Perugino tuvo que visitarla antes de hacerse famoso; no se concebía todavía por aquellos años un pintor que no fuese florentino, por nacimiento o adopción. Poco más o menos, Florencia debía de ser ya el museo vivo que sigue siendo hoy, lleno de la mayoría de las obras admirables que todavía guarda, porque en el siglo XVI y siguientes no aumentó gran cosa la riqueza artística de la ciudad.
En ella acabó Rafael de formar su estilo, o mejor dicho, un estilo suyo. Al contacto de la gracia florentina, este discípulo del Francia y el Perugino despliega su espíritu, se siente animado de juvenil entusiasmo y pinta en cuatro años una serie de cuadros, principalmente de la Virgen con el Niño, que constituyen todavía hoy el más delicado joyel del tesoro de la humanidad. Son algo más de una docena de imágenes candorosas admirablemente pintadas, grupos ideales de la Madre y del Hijo, a menudo solos, abrazados, besándose o jugando ambos con igual inocencia. En otras ocasiones, los acompañan San José o Santa Ana. Es imposible describir una por una estas Madonas, que la fotografía y el cromo han popularizado tanto y que hasta en las peores reproducciones conservan siempre verdadero valor ideal.
La mayor parte fueron pintadas para las principales familias de Florencia o para las comunidades de sus alrededores, como la llamada Madona del Gran Duque, de la Galería Pitti, o la Madona del Jilguero, en los Uffizi; las demás han emigrado repartiéndose por varios museos de Europa: así las Sagrada Familia de la Perla y del Cordero, ambas en el Prado, en Madrid; la Bella Jardinera, en el Louvre, en París; la Virgen de la Palma, en Londres, y la Virgen Colonna, en los Staatliche Museen de Berlín.
Luego, por recomendación de Bramante, en 1508 pasó Rafael desde Florencia a Roma, donde residió hasta su muerte. La empresa que le llamaba allí era colaborar en la decoración de las estancias que, para hacer de ellas su habitación, preparaba Julio II. Las Estancias Vaticanas son tres cámaras de forma aproximadamente cuadrada, con ventanas en dos de sus lados y puertas en las paredes medianeras, que no resultan muy simétricas.
El techo está cubierto con una bóveda por arista algo baja; la iluminación es mala. En un principio, estas cámaras fueron iniciadas por varios artistas; Julio II estaba en edad avanzada y deseaba ver concluida lo antes posible aquella decoración. En 1508 pintaban a la vez las tres estancias Lucas Signorelli, Bramantino, Pinturicchio, Perugino, Lorenzo Lotto, hasta un pintor flamenco, Jan Ruysck, junto con el Sodoma y Rafael. Pero se cambió de plan y se rascaron muchas de las pinturas para que Rafael decorara las tres estancias.
La primera, llamada Cámara de la Signatura, tiene en sus dos plafones medianeros las dos grandes alegorías llamadas la Escuela de Atenas y la Disputa del Santísimo Sacramento, y en los lunetos de encima de las ventanas, la escena del Parnaso y el grupo de juristas de la Jurisprudencia. La idea era reunir en un mismo conjunto la filosofía natural y la teología revelada, la ciencia y las artes, todo bajo la suprema protección de la Iglesia. La Escuela de Atenas es un numeroso grupo de filósofos antiguos que, con noble seriedad, se reúnen debajo de una monumental construcción.
Este mural gigantesco es un monumento pictórico que celebra la investigación racional de la verdad. En el centro están Platón y Aristóteles: el uno, más viejo, con el volumen del Timeo y señalando a lo alto, al cielo de las ideas, es la expresión misma del idealismo filosófico, y el otro, de arrogante figura, se cubre con un manto azul y tiene apoyado sobre la pierna el tomo de la Ética. A la izquierda hay otro grupo de filósofos con Sócrates (cuya cabeza ha sido copiada de una gema antigua que se guarda aún en Florencia) marcando con los dedos silogismos ante un grupo de jóvenes, entre los que se distingue Alcibíades (o quizás Alejandro) con casco y armado. Más abajo otro viejo, acaso Pitágoras, escribe números sobre un grueso volumen, mientras un joven le ayuda sosteniendo ante él una tabla.
