Sandro pagó por la heredad que compró en 1494 al Hospital de Santa Maria Nuova, ciento cincuenta y seis florines de oro. A causa de esta propiedad tuvo Botticelli, en 1497-98, disputas con un propietario colindante, un tal Filippo di Domenico del Calzolaio, litigio que terminó con una recíproca declaración ante notario de no volver a ofenderse mutuamente. Garantizó la declaración un tal Antonio di Migliore Guidotti, ardiente seguidor de Savonarola.
En esta decisión de hacer comprar a Sandro algo sólido como era la heredad, pudo influir además la preocupación de los hermanos acerca de que el artista, perdida la gran protección de los Médicis e incluso mal visto por estos precedentes, viese disminuir los encargos y cayese en la miseria. Muerto Lorenzo el Magnífico, su hijo Fiero fue, en efecto, depuesto del poder en 1494 y sus parientes Lorenzo y Giovanni di Pierfrancesco se levantaron contra él, haciéndose llamar Popolani (partidarios del pueblo), mas, en realidad, tratando de encontrar el modo de sucederle. Pero también éstos eran enemigos de Savonarola y contribuyeron a su perdición consiguiendo que fuese condenado a la hoguera.
Botticelli continuó teniendo un protector en Lorenzo di Pierfrancesco Médicis, pero su hermano Simone, ardiente Piagnone (o «llorón» como se llamaba a los fieles de Savonarola) le reprobaba mantener este lazo con el partido opuesto. Cinco años más tarde, en 1499, Simone anotó que Sandro le había dicho que un tal Dolfo Spini -uno de los que interrogaron a Savonarola después de su encarcelamiento- le había confesado no haberle encontrado culpa alguna, pero que siendo en aquel momento peligroso para su partido el liberarlo, había sido necesario hacerlo condenar.
Entretanto Sandro Botticelli había realizado algunas obras de menores dimensiones como el San Agustín en su celda (Uffizi), cuadro que en el siglo XVI era propiedad de los Vecchietti y en el que el preciosismo se une a una estremecedora sensación de atormentada soledad. También en el Retrato de Lorenzo Larenzano (hoy en Filadelfia, Museo de Pensilvania), la definición incisiva y perspicaz del retrato no excluye una sutil penetración de la personalidad del docto profesor de la universidad de Pisa, que estuvo en relación con Pico della Mirándola e incluso con Savonarola y que acabó suicidándose en 1502. Severo es el Retrato de Marullo (Colección Cambó, Barcelona), profesor de Ñapóles, que en Florencia fue huésped de Lorenzo di Pierfrancesco Médicis desde 1489 a 1494.
De un ritmo anguloso, convulso, es una Madona con el Niño y San ]uan que se halla en la Galería Pitti de Florencia, mientras el Santo Entierro de la Alte Pinakothek de Munich, recuerda a un Roger van der Weyden en el arco dolorosísimo del cadáver de Cristo. Una visión igualmente dramática, angustiada, se desprende del Santo Entierro del Museo Poldi Pezzoli de Milán, quizás identificable con una Piedad recordada antiguamente en Santa María Mag-giore de Florencia. Debe también citarse la mística tensión en la Comunión de San Jerónimo del Metropolitan Museum de Nueva York, así como el grandioso, excitado converger de los grupos en la inacabada Adoración de los Magos de los Uffizi.
En esta última se aprecia un sentido de potente movimiento de las masas que recuerda las visiones dantescas; Botticelli fue, en efecto, apasionado admirador de Dante cuya Commedia empezó a ilustrar antes de 1481, para reanudar después las ilustraciones de los tres Cantos por encargo de Lorenzo di Pierfrancesco Médicis. Los dibujos sobre pergamino (hoy en Berlín y en la Biblioteca Vaticana) preparados para ser miniados en colores, traducen ciertamente la viril sobriedad de Dante a través de la bien distinta sensibilidad y arte de Botticelli, pero son, sin discusión, de una alta calidad ilustrativa.
Anunciación de Sandro Botticelli (Gallería degli Uffizi, Florencia). Pintada en 1489, muestra las dos figuras en un interior arquitectónico. Mientras el arcángel se aproxima con cautela, la Virgen parece querer alejarse creando un delicado escorzo con su cuerpo.