Por otro lado, un hijo de Jorge Manuel y de su primera esposa, Alfonsa de los Morales, nació en 1604, año en que fallece en Toledo, en casa de El Greco, su hermano Manuso Theotocópuli, que, como ya hemos señalado en las primeras líneas dedicadas al pintor, fue aduanero en Candía. Parece extraño que el artista no pintara retratos de su familia; por ello se ha supuesto retrato de Manuso una mediana cabeza de viejo de discutible autografía (Colección Contini-Bonacossi, Florencia) y escena de su casa una curiosa composición conocida por Familia de El Greco (Colección Pitcairn, Pensilvania) no menos dudosa, en la que figuran cuatro mujeres, las cuales pudieran ser doña Jerónima de las Cuevas, compañera y quizás esposa de El Greco, su nuera Alfonsa y dos sirvientas o familiares, y un niño, su nieto Gabriel, y el más extraño gato de la pintura europea.
Asimismo, hay también un retrato de anciano, en este caso de más segura atribución, que se cree que puede ser un Autorretrato de El Greco (Metropolitan Museum, Nueva York).
De todas formas, no deja de ser curioso y revelador del carácter independiente que acreditó el artista a lo largo de toda su vida lo poco que sabemos de su familia. Por ejemplo, ni siquiera no es posible asegurar si, por ejemplo, llegó a casarse con doña Jerónima, ni la fecha de la muerte de esta dama, que Marañón cree que fue de parto en plena juventud y Camón Aznar, en cambio, le concede más larga y saludable vida, pues sitúa su fecha de fallecimiento cuando ésta es ya anciana, entre 1597 y 1604.
Un argumento para inclinarse por la primera de las hipótesis, la que sitúa la muerte de doña Jerónima en la juventud de ésta, es que en el inventario de los bienes de El Greco, realizado a su muerte en 1614, hay tal escasez de ropa blanca, tanto de uso interior como de cama, y tanta pobreza de muebles (sólo una «media» cama y un catre), que toda presencia femenina parece ausente. Los restos de El Greco parecen hablarnos de un hombre mayor que vive solitario y poco preocupado de procurarse unos ropajes, para él y para su casa, que estuvieran a la altura de su categoría como artista. De hecho, Jorge Manuel tenía su propia casa, en la Aldegüela, cuando su padre volvió a ocupar, en 1604, en las «casas de Villena», nada menos que los veinticuatro mejores aposentos. El Greco tenía dos criados, María Gómez y Francisco de Preboste, que le sirvieron más de veinte años.
Estas sombras que desgraciadamente nos impiden ver algunos capítulos de la vida del pintor también afectan a su esfera más propiamente profesional. Por ejemplo, tampoco sabemos gran cosa de su taller. Jusepe Martínez dice que «tuvo pocos discípulos, porque no quisieron seguir su doctrina por ser tan caprichosa y extravagante que sólo para él fue buena». Aparte de su hijo, se citan nada más que dos alumnos, Tristán y Maino, «dos grandes discípulos, entre otros», según escribe un siglo después Palomino.
Es probable que Luis Tristán, nacido cerca de Toledo en el último cuarto del siglo XVI y avecindado en la ciudad entre 1603 y 1607, fuera en esos años alumno de El Greco, de quien heredó la febril tipología de algunos santos (Santo Domingo, Museo de El Greco), pero poniéndola al día por el cuidado naturalista de ciertos detalles. Su Trinidad de la Catedral de Sevilla recuerda la pintada por El Greco para Santo Domingo el Antiguo.
La Adoración de los pastores del Fitzwilliams Museum de Cambridge parece más cerca de Bassano que del propio Greco. La personalidad de Tristán está por estudiar seriamente, como las de otros contemporáneos suyos, como Orrente o Cotán, de la generación vacilante entre el idealismo manierista y la imitación de la naturaleza. Juan Bautista Maino, nacido en Pastrana en 1578, tiene con El Greco más discutible relación. Estuvo en Toledo en 1611 y pintó para el convento de San Pedro Mártir el soberbio retablo de las «Cuatro Pascuas» (Natividad y Resurrección en Vilanova i la Geltrú, como depósito del Prado, donde están la Epifanía y la Pentecostés), en el que nada se rastrea de Theotocópuli, ni en el cuidado naturalista de personajes y detalles, ni en el color, ni en la ejecución casi lamida, como sería raro hallar otra en la España de la época.
Cuando El Greco llega a Toledo se encuentra con una ciudad de gran actividad cultural, en la que la nobleza realiza una importante labor de mecenazgo para colocar de nuevo a la antigua capital de Castilla y León en una posición protagonista. Una de las épocas de máximo esplendor de Toledo se produjo durante el reinado de Alfonso X el Sabio, pues la Escuela de Traductores se encuentra en su momento de mayor actividad y numerosos artistas e intelectuales europeos llegan a una ciudad famosa por la convivencia de tres culturas: judía, musulmana y cristiana.