Entre sus retratos de personajes de la familia real española destacan los del príncipe Carlos, el desventurado hijo de Felipe, y los de las princesas. Retrató a Isabel Clara Eugenia y a su hermana Catalina Micaela. No se conservan, en cambio, retratos de Felipe II hechos de su mano. Pero lo más probable es que sí hiciera varios retratos de este monarca; de este modo, según explica Pacheco, los hizo y seguramente debieron desaparecer en el incendio del Palacio del Pardo. Entre los que realizó fuera de la corte sobresale por su profunda simplicidad el del padre Sigüenza, que ostentaba el cargo de bibliotecario de El Escorial. Además de ser retratista cultivó la pintura religiosa.
Su Martirio de San Sebastián, del Museo del Prado, data de 1582, año en que pintó cinco de los altares de El Escorial con un par de santos en cada uno. Las relaciones entre el monarca y el artista parecen haber sido muy cordiales. Felipe II visitaba su taller y se distraía viéndole pintar, y algunas veces le sorprendió comiendo con su mujer y sus hijos. Sánchez Coello murió en 1588 dejando una gran fortuna y varios discípulos.
Su continuador en el arte cortesano del retrato fue otro artista no menos importante, Juan Pantoja de la Cruz, nacido en el año 1553. El estilo de este pintor sigue el de Sánchez Coello; por ejemplo, pintó a Felipe II y a su última esposa, Margarita de Austria, así como a Felipe III, como príncipe y como rey. El retrato que realizó de Felipe II, cuando éste ya era viudo, es impresionante en su aparente sencillez.
El pintor murió en 1608. En dos de sus pinturas religiosas, la Natividad de la Virgen y la Adoración de los Pastores (ambas obras se hallan hoy en el Museo del Prado y datan, respectivamente, de 1603 y 1605), retrató en forma de personajes de los cuadros a miembros de la familia real.
El traspaso (al que se ha aludido ya en estas páginas) entre el rafaelismo y el manierismo en la pintura española del siglo XVI se evidencia por completo en Luís de Morales, pintor apodado el Divino. Era extremeño (nacido en el año 1510) y es probable que su formación hubiese tenido lugar en Sevilla.
Antes de entrar a conocer con detalle su obra vale la pena que nos detengamos en algunas circunstancias extrapictóricas que ayudan a hacer un esbozo de este pintor extremeño. Conocidas son las anécdotas que acerca de su relación con Felipe II refiere Palomino. Según este pintor y comentarista de la pintura, Morales se presentó en una ocasión ante el rey con excesivo lujo, siendo criticado por los cortesanos. La otra anécdota contada por Palomino refiere que el rey, en viaje hacia Portugal le visitó, y hallándole viejo y pobre, ordenó que se le concediera una pensión. En todo caso, Morales parece haber llevado una vida retirada, aunque, sin embargo, le menudearon los encargos, sobre todo conventuales, y algunos le obligaron a trasladarse a Portugal.
Este pintor, que fue por antonomasia el pintor de los Ecce Homo (como Juan de Juanes lo fue por su parte del Jesús Eucarístico), fue además de un artista acendradamente religioso, un singularísimo pintor. Ignoramos por qué caminos adoptó la maniera de inspiración italiana que tanto lo acerca a los resultados del Parmigianino, cuando pinta La Virgen y el Niño, pero sin duda ese modo de pintar se avenía a su sensibilidad espiritualizada. Los alargamientos y los retorcimientos, él los supo combinar con maravillosos efectos luminosos, en un cromatismo rico y variado, suave muchas veces, pero que puede circunscribirse a una paleta estrictamente agria, como cuando se trata de acentuar el sentido trágico que tienen algunas de sus pinturas de la Piedad. Aunque es preciso señalar que más que sus composiciones de escenas religiosas, emocionan sobre todo sus figuras de Jesús adolorido y la ternura de sus Vírgenes con el Niño.
Además, Luís de Morales tuvo el honor de ser el pintor predilecto de San Juan de Ribera. Prueba de ello es el lienzo que se conserva actualmente en el Museo del Prado, y que años atrás no estaba catalogado como un retrato del citado santo, pues se suponía que era una evocación de la efigie de San Ignacio de Loyola.
Alejandro Farnesio de Juan Pantoja de la Cruz, en el Monasterio de El Escorial (San Lorenzo de El Escorial). Retrato del famoso capitán general de los Tercios españoles de Flandes, nieto del papa Paulo III y del emperador Carlos V. Por su actitud y gesto vanidosos, refleja más bien al militar vencedor en Maastricht y Oudenaarde, al capitán de los tercios que rindieron y saquearon Amberes en 1585, que al diplomático cuya astucia logró sus mejores victorias. El tono adulador del pintor, preocupado por expresar la buena planta del personaje, limitan la penetración psicológica de este retrato cortesano.