Otra parte de la cámara de Heliodoro fue también pintada durante el pontificado de Julio II: el luneto sobre la ventana, donde se representa el Milagro de Bolsena. El hecho era antiguo, pero se conservaba de él vivísimo recuerdo en Roma. En el siglo XIII un sacerdote, en el acto de celebrar la misa, en la iglesia de Santa Cristina de Bolsena, puso en duda la presencia real del cuerpo de Cristo en la Eucaristía, y al romper la Hostia, ésta dejó caer algunas gotas de sangre.
Rafael representó el prodigio con dignidad extraordinaria: el marco de la ventana forma una especie de estrado, al que se sube por unas gradas; en lo alto se ve al sacerdote de Bolsena celebrando la misa, que el papa Julio II oye arrodillado; detrás están sus familiares y debajo un grupo de guardias pontificios con sus vestidos de colores abigarrados, rojos y verdes, bellísimos. La serie de las decoraciones de estas dos primeras cámaras fue proyectada por un sobrino de Pico della Mirándola; representaba el esfuerzo de conciliar la filosofía aristotélica racional y la filosofía platónica o intuitiva, que era el empeño de los humanistas del siglo XVI.
Pero en la segunda cámara, en una de las dos paredes que faltaba por pintar, enfrente del tema de Heliodoro, se representó el episodio del Encuentro de Atila y el papa León Magno. El rey de los hunos retrocede a la vista de San Pedro y San Pablo, que aparecen para defender al Papa, quien es ya la figura corpulenta de León X, el nuevo Papa que sucedió a Julio II, cuyo rostro ya había sido pintado por Rafael como el último cardenal de la izquierda, que acompaña a León Magno. Así, en la misma composición aparecen dos veces los rasgos del nuevo pontífice. En la otra pared de la estancia se alude también a la protección divina dispensada al pontificado; representa la liberación milagrosa de San Pedro en Jerusalén, tal como la describen los Hechos de los Apóstoles, con una ventana central con reja, de la que irradia intensa luz.
La tercera estancia tal vez no fue pintada ya por el propio Rafael, quien quizá no hizo más que los dibujos, que desarrollaron sus discípulos. El fresco que ha dado nombre a esta estancia representa el Incendio del Borgo, un incendio reciente, que había quedado extinguido milagrosamente por la bendición papal. Los pontífices ya no son sólo los protegidos de las celestes potestades, sino que obran ellos, por sí mismos, el milagro. La composición no tiene aquel orden y proporción admirables de todas las partes, como en los frescos de las cámaras anteriores; son figuras sueltas sabiamente dibujadas: altas canéforas que llevan agua para apagar el fuego; matronas suplicantes con los brazos en alto, como si se tratara de nióbidas; un hombre cargando a otro, muy viejo, sobre la espalda, que parece la ilustración del texto de Virgilio al narrar la huida de Eneas de Troya, incendiada, con su padre a cuestas.
Estas composiciones de las estancias de Rafael han servido de modelo durante siglos para las pinturas decorativas de carácter histórico; señalan el principio del estilo académico, proporcionado, equilibrado, compuesto en masas iguales.
No obstante, Rafael, imitado por espíritus vulgares, ha sido la excusa de toda la pintura histórica vulgar y académica que se desarrolló más tarde. De aquí que, al sobrevenir la reacción contra el arte meditado, proporcionado e intelectual del siglo pasado, la revolución se hiciera en nombre del prerrafaelismo, esto es, oponiendo a la escuela académica los pintores anteriores a Rafael, sobre todo Botticelli y Fra Angélico. Pero Rafael es inocente de toda la plaga de malas pinturas que, a imitación de los frescos de las estancias, se realizaron, sobre todo en Francia.
Otros temas antiguos que Rafael repite interpretándolos con personal eficacia son la mejor revelación de la grandeza de su genio. He aquí, por ejemplo, la viejísima Visión del Todopoderoso, tal como se apareció a Ezequiel acompañado del Tetramorfo -aún con los dos ángeles que le llevaban los rótulos de las plegarias y ahora le sostienen los brazos-. Es una «fórmula iconográfica» antigua que se pintó y esculpió estereotipada miles de veces en el arte bizantino y en el arte románico, pero que resurge totalmente rejuvenecida en la obra de Rafael por la creación de un espacio extraño, parecido a “perspectiva radiante» bizantina, que no tiene nada que ver con las leyes de la perspectiva habitual. Vasari, que vio este cuadro que sólo mide 40 X 30 cm., anotó: «No menos raro y bello en su pequeñez que las otras cosas en su grandeza».
El Cardenal de Rafael (Museo del Prado). Cuadro realizado hacia 1511, época en que el pintor se dedicó intensamente al retrato. El personaje, de mirada inquisidora e inquietante ambigüedad no ha sido aún identificado con ningún personaje.