En la zona del altiplano y valle bolivianos, la arquitectura incaica sufre la superposición de elementos locales, principalmente collas. Los restos más importantes se hallan en las islas del Sol y de la Luna, en el lago Titicaca; en esta última, está el palacio de Pilcocaina que tiene estructura cuadrangular, y originalmente tenía dos pisos cubiertos con falsa bóveda.
La estructura es de piedra cortada y se hallaba recubierta por arcilla pintada de rojo y amarillo. Asimismo en la isla del Sol está la Chincana, edificio similar al anterior, pero de planta asimétrica, y el Templo del Sol, muy arruinado. En la isla de la Luna, llamada también Coati, está el Templo de las Vírgenes. Tiene forma de «U», en torno a un patio, y las fachadas que se levantan sobre él tienen fina ornamentación a base de puertas y hornacinas con dinteles escalonados.
La ciudadela de Incallacta, en las estribaciones de la Cordillera Oriental, levantada para contener la invasión chiriguana, es la más importante de la zona. Está situada en una ladera, entre dos ríos, protegida en su parte norte por una muralla dentada.
El edificio principal del conjunto tiene 78 m de largo por 25 m de ancho y, como es usual, se abren puertas en uno de los lados mayores en tanto que los demás se decoran con hornacinas interiores. No existe huella de muro central, por lo que puede suponerse que el techo se apoyaba en horcones de madera. Junto a este gran edificio hay otros menores, de estructura similar, llegando su número a cuarenta.
La última fortaleza incaica en territorio boliviano es Samaipata, situada en el departamento de Santa Cruz, en tierra de chiquitanos. Aunque la tradición la supone construcción militar, su estructura se corresponde en todo al estilo ceremonial rupestre ya descrito. Se trata de un montículo de 80 m de largo, tallado en roca viva con escalones, pozos y símbolos de animales.
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