Descubierta en 1943, la cripta ilustra el modelo más extendido para este tipo de dependencias en la época. Su existencia se documenta ya en 1056, cuando aparece citada en el testamento del canónigo Ramón. Situada bajo la capilla central (a la que sirve de basamento), consta de tres naves de cuatro tramos casi cuadrangulares, separados por columnas y capiteles de hojas de penca.
Algunos investigadores consideran que estos capiteles se reaprovecharon de las iglesias de San Pedro, Santa María y San Miguel, demolidas por Oliba para construir la nueva catedral. Barral sostiene, en cambio, que todos ellos se labraron mientras avanzaban las obras de la cripta.
La adición de un cuarto tramo en el siglo XII destruyó los primitivos accesos a la estancia, que se cubre con bóvedas de arista según es costumbre en los edificios prerrománicos y románicos (San Vicente de Cardona, por ejemplo). Como suele ocurrir en este tipo de espacios, inquieta el acusado contraste entre la ligereza de los soportes y la rotunda pesadez de la techumbre.
La función básica de las criptas era atesorar y exponer a la piedad de los fieles los restos de cuerpos santos, objeto de creciente devoción y por consiguiente de enriquecimiento espiritual y material de los templos que los custodiaban. Oliba apoyó firmemente este culto, adquiriendo un elevado número para el monasterio de San Miguel de Cuixá.
Como señala Bango, ya en las iglesias carolingias las reliquias se veneraban en las criptas dentro de sarcófagos o en los columbarios de los muros, según su importancia.
La arquitectura del primer románico preserva y desarrolla este tipo de estancias con esa misma finalidad, si bien ahora su principal cometido es tectónico: actuar a modo de infraestructura de la fábrica para salvar el desnivel del terreno sobre el que se asienta la iglesia, sin perjuicio de que además se reaproveche para usos diversos, en particular funerarios, llegando incluso a construirse de forma inercial en algunas ocasiones, como veremos en la catedral osense de Roda de Isábena.
Barral sostiene que a mediados del siglo XII se proyectó una gran portada para el hastial oeste de la catedral. De su ejecución debió de encargarse el mismo taller que trabaja en la magna fachada de Ripoll y sus proporciones ser similares a las de ésta, a juzgar por los numerosos restos escultóricos de apóstoles y profetas conservados, hoy dispersos en varios museos. Según las fuentes documentales, el tema de la Maiestas Domini centraba la composición del ingreso.
El conjunto se completaba, finalmente, con un claustro, del que sólo subsiste una de las portadas.
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