El período Kamakura (1185-1333) vivió la hegemonía de la nueva clase militar de los samurais. Fueron decididos protectores de la secta zen, una de las ramas del budismo, traída de China en 1191 por el monje Eisai; con el zen se infiltró la cultura china de los Song.
Los samurais reconstruyeron los templos de Nara; Tódai-ji se reconstruyó en 1195 y Kofuka-jí en 1189. Si en un principio el zen fue adoptado sólo por los aristócratas, pronto llegó a todas las clases sociales, lo que supuso para el arte el renacimiento de formas de fácil comprensión, representado en los grandes maestros de la escultura Unkei y Kakei.
Sus terroríficos guardianes, realizados hacia 1203 para el monasterio de Tódai-ji forman parte del sensacionalismo que acusa este arte. Los artistas, perdida la protección imperial de siglos anteriores, se agrupan en talleres para realizar una obra cuantitativamente importante, que pierde en contrapartida su calidad estética.
El período Muromachi (1337-1573) representa el esplendor de la cultura de los samurais que, debilitados militarmente por sus luchas intestinas y ávidos de refinamiento espiritual, volvieron los ojos a Kyoto.
El clan reinante de los Ashikaga sigue imponiendo el zen que marcará el gusto de la época, sin duda una de las más interesantes. En arquitectura domina el orden estructural y la sencillez, con aparición de edificios modulados, la ostentación del material desnudo, el rechazo de adornos superfluos, características que tanto habían de impresionar a los arquitectos occidentales contemporáneos.
Recogen estas normas los templos, reconstruidos devotamente de generación en generación, de Dai-toku-ji (1334), Tenryu-ji (1340), Kinkaku-ji o Pabellón de Oro (1397), Ryoan-ji (1450), Ginkaku-ji o Pabellón de Plata (1490).
En pintura el ideal nacional tiene como representante la figura del monje Sesshu, de la secta zen, creador del Sumi-e, pintura monocroma negra que los samurais Kano Masanobu y Kano Motonobu, padre e hijo, enriquecen aportando elementos no religiosos, dando lugar a la escuela de Kano.
Si la escuela de Kano sigue inspirándose en el típico paisaje chino, otra, la de Tosa, centrará su atención en temas genuinos de la literatura y la historia de Japón. Pero no sólo la pintura y la arquitectura contribuyen a la idea de un arte nacional, sino otras múltiples actividades: cerámica, ceremonia del té, jardines, poesía, música. Y también con el no (literalmente, habilidad o talento), teatro que evoca el mundo metafísico del zen con poderosos recursos dramáticos, entre ellos el empleo de máscaras que son verdaderas esculturas.
El período de Momoyama (1576-1615) podría resumirse en sus tremendos castillos como símbolo de poder y autoridad. El primer castillo fue el de Azuchi-jo (1576), en las inmediaciones de Kyoto, decorado por Kano Eitoku y erigido por orden del temible Oda Nobunaga que logró acabar con el poder militar de los monjes budistas y consumar el divorcio entre poder político y religioso.
Ninguno de los edificios religiosos de épocas anteriores podía competir, ni en escala ni en fastuosa decoración, con aquellos imponentes castillos de varios pisos.
Entre ellos destacan el de Nijo (1602) en Kyoto, única gran residencia samurai que subsiste en la actualidad, y el de Osaka (1583), construido por orden de Hideyoshi y descrito admirablemente por Gaspar Coelho que fue recibido en él.